La peculiarità fondante della Pontificia Università Gregoriana è l'essere Università Ecclesiastica Pontificia affidata dalla Santa Sede alla Compagnia di Gesù, affidamento riconfermato da Benedetto XVI. 

Sant’Ignazio di Loyola pose le basi della Pontificia Università Gregoriana istituendo, nel 1551, una Scuola di grammatica, d’umanità e dottrina cristiana, gratis, denominata per molti secoli Collegio Romano. 

Gregorio XIII, nel 1583, dotò l’ateneo di una nuova e più ampia sede, per cui fu detto "Fondatore e Protettore", ed in memoria del suo benefattore il Collegio Romano prese in seguito il nome di Università Gregoriana, il cui Gran Cancelliere è il Prefetto della Congregazione per l’Educazione Cattolica e il Vice Gran Cancelliere il Preposito Generale della Compagnia di Gesù.